Upam, da vprašanje prav razumem (sem ga večkrat prebral, da ja ne bi z odgovorom kiksnil)...
Če prav sklepam, imaš te fajle v RAW/JPEG formatu in bi želel te fajle izvoziti kot JPEG ločeno po direktorjih, da bi drevesna struktura ostala enaka, le vsaka mapa bi imela še podmapo s pomanjšanimi slikami?
Lightroom bo pravi odgovor za to, saj ima poleg funkcije Export, tudi Resize in zna locirati in ohraniti originalni direktorij.
Znotraj Lightrooma pa lahko uvažaš tako RAW kot tudi JPEG in oboje izvažaš.
Takšne nastavitve bi morale funkcijo opraviti brez težav:
http://i56.tinypic.com/xc7oeb.jpg
In zlato pravilo: pred samim pomanjševanjem, ne varčuj tistih 40 GB prostora na drugem spominskem mediju in pol ure časa. Izdelaj si kopijo slik.